Mischung aus südeuropäischer Gotik mit lokaler Architektur unter Verwendung von maurischen und manuelinischen Elementen. Die drei Kirchenschiffe sind mit großzügigen gotischen Bögen verbunden, Tageslicht erhellt das Innere aber nur unzureichend durch acht manuelinische Fensterluken und einige kleine Fenster über dem Altar. In den Seitenschiffen sind sechs Kapellen mit gotischen Bögen untergebracht. Das eher unscheinbare Äußere täuscht über die Sehenswürdigkeiten im Inneren. Die Kanzel und der Hochaltar sind ebenso Geschenke von König Dom Manuel I. wie das Taufbecken, das sogar noch an seinem ursprünglichen Platz steht. In der reich dekorierten Capela do Santissimo befindet sich ein wertvolles Gemälde, das das letzte Abendmahl darstellt. Die Kapelle im Altarraum enthält ein Wandbild aus goldgerahmten Bildtafeln. An den Seiten des Altarraums sind geschnitzte Gestühle für die Domherren und Kaplane. Sitzflächen und Armlehnen sind mit Bildern verziert, die Apostel und Propheten darstellen, aber auch gewagte Szenen zeigen. Die Jesuitenkirche wurde von 1624 - 1647 erbaut und ist ein typisches Beispiel für die Architektur des Ordens. An den Seiten des hohen Kirchenschiffes liegen identische Kapellen, über denen auf Höhe des Chors ein Übergang mit Fenstern und Balkonen eingezogen ist.
Die Wände sind mit herrlichen Azulejos aus einer Lissaboner Werkstatt geschmückt und der Hochaltar zeigt die Fähigkeiten der heimischen Holzschnitzer. Ein weiterer Höhepunkt sind die goldverzierten Altaraufsätze aus der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts. Kapelle Almas Pobres: Der Bau soll von einem Mann gestiftet worden sein, der einem Überfall entkommen war. Seine Rettung verdankte er seiner Meinung nach den "armen Seelen im Fegefeuer" (Almas Pobres). Die eigenwillige Kapelle ist in einen Felsen gehauen und trägt am Giebel eine Kachel mit den Initialen "PNAM" (Padre Nosso Ave Maria = Vater unser, gegrüßt seist Du Maria), die auch "Seelchen" (Alminhas) genannt wird. Igreja de Nossa Senhora do Monte: Die architektonisch und künstlerisch eher unbedeutende Kirche enthält das Grab von Karl I. von Habsburg, dem letzten Kaiser von Österreich, der nach seiner Abdankung mit Kaiserin Zita auf Madeira im Exil war. Und immer am 15. August ist sie das Ziel von reuigen Sündern, die die 74 Stufen der zur Kirche führenden Treppe auf den Knien zurücklegen.